Henüz 25-26 yaşlarında bulundukları sırada hem Arapça lisanını ilerletmek,hem de tanınmış sofilerle görüşmek ve onların kemal ve zevklerine erişme yollarını araştırmak maksadıyla şeyhinin ve ailesinin müsaadelerini alarak gezisine Bağdadtan başlayarak bütün Arap yarımadasını dolaşmış, o zamanlar hocası yalnız Mısırda bulunan "Miftah-ı Ulumil Gayb" (Gayb ilimleri anahtarı) ilmini öğrenmek üzere Mısıra gidip Ezher Camii civarında bir Kadiri şeyhinin yanına yerleşmiştir.

     Divan sahibi bir yandan Gayb ilmi tahsiline devam ederken, bir yandan da Ezher Camii'nde va'azlar veriyor ve tanınmış ilim adamları ve sofilerle ilişkiler kurarak, onlarla ilmi ve tasavvufi sohbetlerde bulunuyordu.Dört yıla yakın bir süre devam eden tahsil devresinin sonunda Niyazi bir gece rüyasında "Abdülkadir-i Geylani" hazretlerini görür .Geylani rüyasında Niyazi'ye nasibinin bu şehirde olmadığını ve Anadolu tarafını işaret eder.Bunun üzerine şeyhinden ısrarla izin ister,rüyasını duyan şeyhi,kendisine hilafet vermeyi teklif eder ise de O gitmede ısrar eder ve izin alıp Anadolu yoluyla İstanbul'a gelir.Sokullu Mehmet Paşa Medresesi'nde bir hücrede irşada başlar (1646).İstanbul'dan Bursa'ya gidip orada Veled-i Enbiya Camii kayyimi Ali Dede'nin evinde ve Ulu Cami yakınındaki medresede oturan Niyazi-i Mısri,yine bir rüya üzerine Uşak'a giderek Halvetiyyenin Elmalı'lı Yiğitbaşı Ahmet Efendi kolundan ve Ümmi Sinan Halifelerinden Þeyh Mehmed'e intisabedip tecdid-i biat eyler.Ümmi Sinan ile Elmalı'ya giderek şeyhinin dergahında imamlık,hatiplik ve şeyhinin oğluna öğretmenlikte bulunur.Bir aralık İstanbul'a bir seyahat yapar. 1065 (1654-1655) te kendisine Ümmi Sinan tarafından hilafet verilmesine müteakip Uşak'a ve Kütahya'ya,Ümmi Sinan'ın ölümünden sonra tekrar Uşak'a oradan Bursa'ya gidip Hacı Mustafa adlı birinin kızı ile evlenir.Bir kız çocuğu olur.Abdal adlı bir tüccar, Niyazi'ye bir dergah yaptırır.Bu dergah 1080 (1669-1670) tarihinde merasimle açılır.Sadrazam Köprülüzade Fazıl Ahmet Paşa'nın daveti üzerine Edirne'ye giden Niyazi,fazla değer verdiği cıfra dayanarak bazı sözler söylediğinden 1087 (1673) te Rodos'a sürülür.Dokuz ay sonra affedilerek Bursa'ya döner. 1676 tarihinde sürüldüğü Limni Adası'nda 1691 senesine kadar sürgün hayatı yaşadıktan sonra affedilir.

     Ahmed II. devrinde Türk ordusunun Avusturya üzerine hareketine karar verildiği zaman Bursa'da oturan Niyazi-i Mısri,Allah rızası için gazaya gideceğini bildirir. 1104 (1693) te müridlerinden 200 kişiyi etrafına toplar.Niyazi'nin ,Bursa'da yeni kaplıca civarındaki Bademli Bahçe'de çadır kurdurup yola çıkmaya hazırlandığı duyulunca,mürüdleri çoğalan şethlerin huruc davasına kalkıştıkları ve bu yüzden kan döküldüğü göz önünde tutularak kendisine Bursa'da kalıp hayır dua ile meşgul olması için Hatt-i Humayun gönderilir.Padişahın Niyazi'ye gönderdiği mektup aynen şöyledir:

     "Mısri Efendi,selamımdan sonra sefere kasd ve azimetiniz olduğu mesmu-i hümayunum oldu.Sefere teveccühünüzden ise halvetinizde duaya meşgul olmanız ensebdir.Mahallinizden harekete rızay-i hümayunum yoktur.Huzur-i hatır ile zaviyenizde oturup asakir-i İslamiyye ve ğuzat-i mücahidine teveccüh-i tam ile mansur ve muzaffer olmaları duasında olmanız me'muldür vesselam."

     Niyazi,padişahın bu isteğini kabul edemeyeceğini şu mektubu ile bildirir:

     "Bismillahirrahmanirrahim.Elhamdülillahi Rabbilalemin.Vassalatü vesselamü ala Seyyidina Muhammedin ve alihi ve sahbihi ecmain.Vesselamü ala halifeti'l Mehdiyyi.

     "Padişahım, "İnne mesele isa kemeseli Adem" buyuruldu.Mümasili ilmül-esmada yığıldı.Kabul edene meslek dendi,kabul etmiyene şeytan dendi.Kazalik İsa,nüzulünde ilmü'l-esma ta'lim eyledi.Kabul edene melek ve mehdi dendi,etmiyeneşeytan ve deccal dendi.Ondan nüzul-i İsa'ya gelince ne kadar enbiya ve rüsul geldiyse anlara muhalefet eden padişahlardan kanğısı behremend oldu,muradına erdi? Cümlesi makhur oldular.

     "Padişahım,muhale ferman vermek akil işi değildir.Bir kevkebe tulu etmesün deyu ferman versen,yahut borusu (ağrısı) tutmuş avret doğursa padişaha asi olur mu? Padişahım,ben seni esirgerim,sana benim su-i kasdım yoktur.Senin hayırhahınım.Senin düşmenim,beni sana yanlış bildirir.Bu dahi malumun ola ki enbiyada ve evliyada kizb ve hilaf ve müdahene olmaz.Bizim sana su-i kasdımız yoktur.Dediğimize itimat edin ve nüdemadan birisini şunu azl veya katleyle demem.Bu senin hizmetine layık değildir.Ancak umum üzre adleyle deyu nasihat ederiz,kabul edersen senin izzetin ziyade olur; aziz olursun; kabul etmezsen zararı kendinize edersiniz.İsa nüzul etmesün deyu ferman verüp geru reddedemezsin.Ancak bir miktar ta'ciz edersen,me'yus olunca sonra nazarı Hak erişüp ol me'yusa necat verir..

     "el-Hasıl enbiyaya muhalefette olmaktan men ederim. Nasihati kabul edersen, tahtında sabitkadem olursun. İsa Aleyhisselam, kendi hakkında ala mele'innas haza mehdiyyüzzeman deyu şehadet eder.Þehadetini Allah taala kabul eder, cümle halk dahi kabul eder.Ve illa muhalefetin zararı kenduye aidolur, bilürsün. Nasihatim budur. Bu mektubu kendu şeyhine gösterme ve re'yiyle amil olma. Þeyhu-l İslama ve ulemaya göster, anların re'yiyle amil ol.Alim kavli şeyhulislamı müşirdir. Anların işaretleriyle amil ol Ahmed adedidir 254 Vesselamü ala men ittebe'a'l-hüda".

     Niyazi, Padişahın emrine kulak asmıyarak Tekfur Dağına kadar gittiği gibi, yapılan te'kide de ehemmiyet vermemiş idi (Silahtar, tarih, II,704).Hadiseyi duyan padişahın, şeyhe mahsus bir koçu araba, dervişler için de para gönderdiğine ve onu Tekfur Dağında karşılattığına bakılırsa Niyazi'yi çok saydığı anlaşılır. (Reşid, tarih, II,216).

     Niyazi-i Mısri'nin Edirne'ye yaklaşması ve padişaha, iş başında bulunan hainleri keramet ile birer birer haber vereceği şayiası, pek çok kimselerin de şeyhi sabırsızlıkla beklemeleri devlet adamları arasında telaş uyandırır.Sadrazam Bozok'lu Mustafa Paşa, Mısri Efendi'nin duasını almak istiyen ve sonra sefere çıkılmasını münasip gören Ahmed II yi, bu zat geldiği takdirde büyük bir fitne zuhur edeceği yolundaki telkinleriyle fikrinden vazgeçirdi. Niyazi, 26 Þevval, 1104 (30 Haziran 1693) Salı günü Edirne'ye gelip va'zetmek üzere Selimiye Camiine indiği zaman, halk caminin etrafını almış, kalabalıktan içeriye girilemez olmuş idi. Bu durum karşısında Sadrazam, Mısri Efendi eğer derhal sürgün edilmezse büyük bit karışıklık çıkacağını padişaha telkin ederek Þeyhin Limni'ye gönderilmesi hususunda bir ferman alır. Þeyh Efendi hemen Tahtırevana bindirilip Boğazhisarındaki Kaptan Paşa'ya sevk olunarak Limni'ye gönderilir. 20 Recep 1105 (16 Mart 1694) Çarşamba günü Limni'de irtihal-i dar-i beka eyler.